Δεύτερη θέση στο πρωτάθλημα, ένα βαθμό πίσω από τον Ολυμπιακό, σε μια σεζόν με τρεις αλλαγές στον πάγκο ως τον Φεβρουάριο. Στο Champions League ο Παναθηναϊκός τερμάτισε τρίτος σε όμιλο με Άρσεναλ, Αϊντχόφεν και Ρόζενμποργκ και συνέχισε στο Κύπελλο UEFA, όπου αποκλείστηκε από τη Σεβίλλη. Ο Μιχάλης Κωνσταντίνου σημείωσε 15 γκολ στο πρωτάθλημα.
16 ομάδες, διπλός γύρος, 30 αγωνιστικές
| # | Ομάδα | Β | Γκολ |
|---|---|---|---|
| 1 | Ολυμπιακός | 65 | 54:18 |
| 2 | Παναθηναϊκός | 64 | 51:18 |
| 3 | ΑΕΚ | 62 | 46:22 |
| 4 | Ξάνθη | 50 | 43:29 |
| 5 | ΠΑΟΚ | 46 | 43:39 |
3ος γύρος κατά RSSSF (αποκλεισμός από ΑΕΚ)
Όμιλοι · 3η θέση (9 β.) → Κύπελλο UEFA
Φάση των 32 · αποκλεισμός 1-2
Ο προπονητής του νταμπλ αποχώρησε νωρίς στη σεζόν και τη θέση του πήρε ο Τσέχος Ζντένεκ Σκάσνι.
Η μεγάλη νίκη στην τελευταία αγωνιστική εξασφάλισε την τρίτη θέση και τη συνέχεια στο Κύπελλο UEFA.
Μετά από ένα σύντομο υπηρεσιακό διάστημα του Τότη Φυλακούρη, την ομάδα ανέλαβε ο Ιταλός Αλμπέρτο Μαλεζάνι.
Μερικό ρόστερ: μόνο παίκτες που τεκμηριώνονται από πηγή. Συμμετοχές και γκολ: μόνο πρωτάθλημα, εκτός αν σημειώνεται.
| Αρ. | Παίκτης | Γραμμή | Συμμ. | Γκολ | Σημείωση |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Μάριο Γκαλίνοβιτς | ΤΕΡ | — | — | |
| 12 | Κώστας Χαλκιάς | ΤΕΡ | — | — | |
| 25 | Στέφανος Κοτσόλης | ΤΕΡ | — | — | |
| 30 | Αλέξανδρος Τζόρβας | ΤΕΡ | — | — | |
| 2 | Ρενέ Χένρικσεν | ΑΜΥ | — | — | |
| 3 | Ηλίας Κώτσιος | ΑΜΥ | — | — | |
| 5 | Νασίφ Μόρις | ΑΜΥ | — | — | |
| 6 | Μάρκους Μιντς | ΑΜΥ | — | — | |
| 8 | Γιάννης Γκούμας | ΑΜΥ | — | — | αρχηγός |
| 15 | Σρτζαν Άντριτς | ΑΜΥ | — | — | |
| 16 | Σωτήρης Κυργιάκος | ΑΜΥ | — | — | |
| 24 | Λουκάς Βύντρα | ΑΜΥ | — | — | |
| 26 | Ρούντολφ Σκάτσελ | ΑΜΥ | — | — | |
| 27 | Παντελής Κωνσταντινίδης | ΑΜΥ | — | — | |
| 28 | Αλέν Ραγκέλ | ΑΜΥ | — | — | |
| 41 | Άντερσον Λίμα | ΑΜΥ | — | — | |
| 4 | Σίλβιο Μάριτς | ΜΕΣ | — | — | |
| 9 | Εσεκιέλ Γκονζάλες | ΜΕΣ | — | — | |
| 18 | Λουτσιάν Σανμαρτεάν | ΜΕΣ | — | — | |
| 20 | Άγγελος Μπασινάς | ΜΕΣ | — | — | |
| 22 | Μιλτιάδης Σαπανής | ΜΕΣ | — | — | |
| 40 | Κωνσταντίνος Χαραλαμπίδης | ΜΕΣ | — | — | |
| 50 | Νόρντιν Βούτερ | ΜΕΣ | — | — | |
| 7 | Ντζόγκου Ντέμπα-Νιρέν | ΕΠΙ | — | — | |
| 10 | Ζοέλ Επάλ | ΕΠΙ | — | — | |
| 11 | Δημήτρης Παπαδόπουλος | ΕΠΙ | — | 8 | |
| 19 | Μιχάλης Κωνσταντίνου | ΕΠΙ | — | 15 | |
| 21 | Ντουμίτρου Μίτου | ΕΠΙ | — | — | RSSSF: «Andrian Mitu» |
| 23 | Εμάνουελ Ολισαντέμπε | ΕΠΙ | — | — | |
| 29 | Μάτσιεϊ Μπικόφσκι | ΕΠΙ | — | — | |
| 44 | Θεοφάνης Γκέκας | ΕΠΙ | — | 8 | ήρθε από την Καλλιθέα μέσα στη σεζόν· 18 γκολ συνολικά στο πρωτάθλημα (10 με Καλλιθέα), πρώτος σκόρερ |
* όλες οι διοργανώσεις (δεν υπάρχει ξεχωριστό στοιχείο πρωταθλήματος).